Pantasnya tindakan medis lain, prosedur pencabutan gigi bungsu ini juga memilki risiko komplikasi. Komplikasi yang umummnya terjadi diakibatkan karena peraturan medis ialah perdarahan dan Infeksi. Tanda yang dibuktikan dari komplikasi ini adalah perdarahan yang secara terus menerus dari lokasi tindakan, keluar carian berwarna kuning atau putih, nyeri atau bengkak yang terus menerus, serta demam.
Sedangkan komplikasi yang biasa terjadi diakibatkan karena pencabutan gigi bungsu adalah tidak ada bekuan darah pada rongga gigi atau bekuan darah terlepas dari ronga gigi. Dalam istilah medis, kondisi ini disebut alveolar osteitis, Akhirnya pasien mengalami nyeri hebat pada rahang atau gusi. Peristiwa tersebut juga menimbulkan bau atau rasa yang tidak enak dari rongga gigi yang kosong. Komplikasi ini bisa muncul sekitar tiga hingga lima hari pasca pencabutan gigi bungsu, Komplikasi lain yang dapat muncul adalah cedera saraf. Hal ini ditunjukkan dengan rasa nyeri, kesemutan, atau kebas pada lidah, bibir, gusi, dan pipi. Kondisi tersebut dapat mengganggu aktifitas sehari-hari, seperti saat makan atau minum. Namun komplikasi seperti ini umumnya hanya berlangsung selama beberapa minggu pasca pencabutan gigi bungsu.
Sama seperti efek samping operasi atau pencabutan gigi pada umumnya, Anda mungkin akan mengalami nyeri gusi dan pembengkakan. Meski begitu, efek samping ini bisa diatasi dengan pemberian obat pereda nyeri yang dijual bebas di apotek atau toko obat. Dokter juga mungkin meresepkan obat pereda nyeri dengan dosis yang lebih tinggi jika memang diperlukan.